Poté, co se 1.1.1993 rozdělila Česká a Slovenská republika, uzavřeli jsme v květnu 1995 v souladu se změněnou situací s Českou republikou novou mezivládní smlouvu o vědecko-technické spolupráci platnou na 5 let. Obě strany určily za prováděcí orgány této smlouvy: za čínskou stranu státní výbor pro vědu, za českou stranu ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy.
V květnu 1996 přijela do Číny na pozvání čínské strany česká vědecko-technická delegace vedená náměstkem ministra školství, mládeže a tělovýchovy  Průšou. Náměstek Průša  předsedal v Pekingu konanému 33. zasedání Česko-čínské komise pro vědecko-technickou spolupráci. Na tomto zasedání byla podrobně zhodnocena dosavadní spolupráce, byly projednány otázky týkající se rozvoje  dvojstranné hospodářské a vědecko-technické spolupráce pro nejbližší období a vedla se podrobná diskuse o hlavních bodech a nejdůležitějších směrech budoucí spolupráce. Účastníci projednali spolupráci  v elektrotechnice, textilním průmyslu, strojírenství, farmacii, výrobě skla a dalších celkem osmi odvětvích. Na to byl místopředseda státního výboru pro vědu Hui Yongzheng pozván do České republiky, aby se jako vedoucí  delegace setkal se  zodpovědnými pracovníky ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy, ministerstva průmyslu a obchodu, akademie věd, telekomunikačních společností a dalších organizací, aby s nimi projednal spolupráci na poli vědy a techniky, zvláště možnosti spolupráce v oblasti telekomunikací, farmacie a dalších moderních technologií. Spolu s delegací přijeli do České republiky zástupci vědeckotechnických organizací, aby v České republice provedli podrobný průzkum trhu, shromáždili množství užitečného materiálu a účastnili se  řady velmi podnětných pracovních setkání.
       V první polovině roku 1997 se uskutečnila vzájemná výměna vedoucích představitelů akademií věd obou zemí  a přírodovědeckých fondů a byl podepsán protokol o spolupráci. Krátce na to navštívila Českou republiku čínská vědecko-technická delegace vedená náměstkem ministerstva strojírenství Lü Fuyuanem, aby se zúčastnila 34. zasedání Společného česko-čínského výboru pro vědecko-technickou spolupráci. Na tomto zasedání především obě strany zhodnotily současnou situaci v oblasti vědecko-technické spolupráce a určily jednotlivé položky spolupráce v oblasti lesnictví, zemědělství, chovu dobytka, ochrany přírody, farmacie, hutnictví, genetiky a v dalších oborech.
       V dubnu 2000 navštívila ČLR česká vědecko-technická delegace pod vedením náměstka ministra školství, mládeže a tělovýchovy Průši, aby se v Pekingu zúčastnila 35. zasedání Společné komise pro vědecko-technickou spolupráci. Naše strana představila státní strategii inovace. Česká strana podala výklad  obsahu nové politiky České republiky v oblasti vědy a techniky a  strategie rozvoje pro vstup do EU. Obě strany aktivně zhodnotily výsledky dosažené od posledního zasedání a určily směr budoucí spolupráce. Upřesnily nové položky spolupráce v zemědělství, elektrotechnice, biotechnologii, ochraně přírody, chemii a v dalších oborech. Česká strana  v Pekingu navštívila Oblast pro vývoj vysoké technologie Shangdi a Firmu Tongfa university Qinghua a další závody vysoké technologie a setkala se s vedoucími představiteli 2. koncernu leteckého průmyslu. V Xi´anu se účastnila jednání o rozvoji čínského západu a vyměnila si názory na možnost rozšíření styků a spolupráce s příslušnými vědeckými a výzkumnými institucemi a podniky. Následovně obě strany stvrdily výměnou diplomatických nót rozhodnutí prodloužit platnost smlouvy o vědecko-technické spolupráci na dalších pět let počínaje květnem 2000.
       36. zasedání Společného výboru pro vědecko-technickou spolupráci  se konalo v březnu 2002. Bylo na něm potvrzeno více než 60 položek vzájemné spolupráce. V roce 2002 vyslala česká strana poprvé vládní delegaci na veletrh moderních technologií do Shenzhenu.

       Česko-čínské smlouvy o spolupráci podepsané organizacemi zabývajícími se  vědou a výzkumem:

       1.Smlouva o vědecké spolupráci mezi Akademií věd České republiky a Akademií věd ČLR, srpen 1993
       2.Smlouva o spolupráci mezi Čínskou společností pro vědu a techniku a Českou společností pro vědu a techniku, 7. říjen 1994.
       3.Smlouva mezi Ministerstvem zdravotnictví ČLR a Ministerstvem zdravotnictví ČR o spolupráci v  oblasti zdravotnictví,  1996
       4.Memorandum o společné vůli spolupracovat na poli vědy a techniky, podepsané Čínským státním fondem na podporu rozvoje přírodních věd a Českým státním vědeckým fondem 23. června 1997.
       5.Prováděcí protokol o vědecké spolupráci mezi Akademií věd ČLR a Akademií věd ČR na  léta 2000 – 2005 podepsaný v roce 2000.  
       6.Smlouva o vědecko-technické spolupráci mezi Českou inženýrskou akademií a Čínskou inženýrskou akademií.